Le CRIHAN et Schrödinger ont organisé une journée technique basée sur les logiciels Schrödinger (Jaguar, Glide,...) qui s'est déroulée le 27 Janvier, 2009 au CRIHAN.


Programme de cette journée :

•  Matin: Présentation de cas pratiques soulignant l'utilisation de techniques avancées telles que l'affinement de boucles, la flexibilité de la protéine dans la procédure de docking via « Induced Fit Docking », la détection de modes de binding différents par des méthodes basées sur les ligands, les méthodes QM/MM et l'utilisation de la fonction de scoring Glide XP pour la détection des interactions clefs entre la protéine et le ligand...

•  Après-midi: Une session de training vous permettra de débuter avec les outils Schrödinger et d'interagir avec nos experts scientifiques.

Agenda :

• 9:00    Accueil Café

• 9:30    Présentation de la suite Schrodinger complète en soulignant certaines applications clefs et en les appliquant à des cas concrets
• Modélisation et Simulation
• Caractérisation du site actif : Exploration de la région de binding et Optimisation des interactions avec le ligand
• Utilisation de la fonction : Loop Refinement pour générer les informations manquantes
• Structure-Based Design
• Utilisation des techniques de docking et mise en application de la procédure d'Induced Fit Docking pour prendre en compte la flexibilité de la protéine et les mouvements des loops dans le cas de P38 DFG in/out
• Analyse des principales interactions pour P38 par Docking de fragments au moyen de Glide XP
• Ligand-Based Design
• Utilisation des techniques de pharmacophores et en particulier de la fonction de détection des différents modes de binding dans le cas de la même protéine : P38 DFG in/out
  

• 12:30    Déjeuner

• 13:30    Démonstration

• Courte Introduction aux méthodes QM et QM/MM
• Débuter avec Maestro dans le cadre de projets QM et QM/MM
• Importer/exporter
• Construire une Molécule
• Le concept de projet (Project Table)
• Barre d'outils et raccourcis
• Préparation: ligand et protéine
• Rappel sur les Interfaces utilisées le matin
• Soumettre un Job, Monitoring
• Outils d'analyses
• Aide, Documentation, Vidéos, Séminaire Web
• Utilisation de KNIME et Python pour automatiser les tâches

• 15:30    Questions/Réponses

• 16:30    FIN

Pour plus de renseignements sur cette journée, merci de prendre contact avec :
 - Beatrice Charton: bc@crihan.fr,
 - Katia Dekimeche: katia.dekimeche@schrodinger.de